Położenie Miasta w dolinach rzek i potoków, otoczenie Beskidów i Gorców oraz stosunkowo niewiele zmienione środowisko sprzyja występowaniu wokół Mszany Dolnej licznych, czasem unikalnych gatunków flory i fauny.

Okoliczne wzgórza porastają lasy – głównie bukowe, tworząc płaty „buczyny karpackiej”, która zamieszkiwana jest przez liczne ptaki: wróblowate, sowy, dzięcioły. Zbocza Lubogoszczy porastają unikalne w Polskich Beskidach zmiennowilgotne łąki trzęślicowe z unikalnymi roślinami, które zostały zgłoszone do ochrony w ramach obszarów Natura 2000.

Przepływające przez miasto rzeki górskie (Raba i Mszanka) stanowią ostoję ryb, głównie pstrągów, które można łowić na „sztuczną muchę”. Ochroną ryb oraz zarybianiem zajmuje się miejscowe koło Polskiego Związku Wędkarskiego „Mszanka”. Coraz popularniejszą metodą wśród miejscowych pasjonatów łowienia staje się tzw. „catch and release” – czyli „złap i wypuść”. Spośród ptaków wodnych możemy tu spotkać rzadkiego bociana czarnego, tracza nurogęś, czaplę siwą, czy kaczki krzyżówki.

Na okolicznych łąkach polują ptaki drapieżne – myszołowy, trzmielojady, pustułki, jastrzębie, a czasami nawet orlik krzykliwy, czy orzeł przedni.

W samym mieście wartym uwagi jest park miejski, gdzie podziwiać można wiekowe lipy i dęby, a gdzie spotkać można wiele dziuplaków, puszczyki i kolonię gawronów.

Więcej o przyrodzie okolic Mszany można przeczytać na stronach traktujących o faunie Ziem Wielicko – Limanowskich.